حسین خنیفر، در گفت و گو با قدس آنلاین می افزاید: آموزش و پرورش مانند هر نهاد دیگر دارای ساختاری اداری است که اگر این ساختار نظم و خلاقیت لازم را نداشته باشد، نمی تواند پشتیبان قابل اعتمادی برای تعلیم و تربیت کشور محسوب شود.
وی ادامه می دهد: نبود تیم مدیریتی قوی و علمی چالش های این وزارتخانه را هر روز بیشتر کرده است که این مسئله به نوع نگاه وزیر آموزش و پرورش و افرادی که او برای پست های مختلف مدیریتی انتخاب می کند، باز می گردد.
وی می گوید:چرا نظام آموزش و پرورش ما که یک دستگاه عریض و طویل است و هزاران کارمند و معلم در آن مشغول به کار هستند، همین که وزیری بر سر کار می آید و قرار است کاری انجام دهد، تغییرات اساسی انجام می دهد به خصوص در رأس وزارتخانه .
این استاد دانشگاه با اشاره به این که مشکل اساسی در آموزش و پرورش کشور نداشتن برنامه افق مند و نبود یک چشم انداز روشن برای این وزارتخانه است، ادامه می دهد:وزیر و مدیری باید بر سرکار و رأس آموزش و پرورش بیاید که حداقل برای ۲۰ سال آینده برنامه داشته باشد و بر اساس همان برنامه هم پیش برود.
خنیفر یکی از معضلاتی که آموزش و پرورش را با مشکلات عدیده ای مواجه می کند نبود آمار و اطلاعات دقیق می داند و  می گوید: در وزارت آموزش و پرورش آمار و اطلاعات دقیقی از ورود و خروج معلم نداریم.مرکز اطلاعات و آماری که در گذشته وجود داشت در حال حاضر نیست و اگر هست به درستی عمل نمی کند.
وی ادامه می دهد: نبود آمار و اطلاعات دقیق یکی از عواملی است که مدیریت ها را بی ثبات می کند،محاسبات را دقیق نمی گوید، منطق آموزش و پرورش منطق اعداد بزرگ است، این وزارتخانه وزیری را می طلبد که با این اعداد و با نظام های تطبیقی در دنیا آشنا باشد.
رئیس سابق دانشگاه فرهنگیان با اشاره به اینکه به دلیل دقیق نبودن آمار و اطلاعات در آموزش و پرورش، هر وزیری هم بیاید تا این نقطه کانونی را اصلاح نکند با مشکل مواجه می شود،ادامه می دهد:وزیر در آموزش و پرورش باید حلقه اندیشه ای را در اختیار داشته باشد که بتوانند با استفاده از بانک اطلاعاتی از آمار، ارقام و نیرو در اقصی نقاط ایران، این آمار را در همه زمینه ها از ورود و خروج معلم تا دانش آموزان و کتاب ها و حقوق معلمان و...مانیتورینگ کنند.
خنیفر با بیان اینکه باید از این خط کشی ها و سرنخ هایی که رهبر انقلاب برای هدایت آموزش و پرورش می دهند استفاده کنیم،اظهار می دارد:آموزش و پرورش دیگر هیچ فرصتی برای آزمون خطا ندارد.
وی با انتقاد از اینکه تنها ۱۱/۵درصد کل بودجه صرف آموزش و پرورش می شود، می گوید:چرا ۱۵ درصد بودجه باید صرف تصادفات شود؛ بعد از امنیت و سلامت اولویت بودجه با آموزش است این درحالی است که رتبه بودجه آموزشی ما بسیار پایین تر از اینها است.
وی با ذکر اینکه شاید مجلس و سازمان برنامه بودجه در این بودجه بندی ها تنها مقصر نباشند، می گوید: وقتی آمار و اطلاعات در آموزش و پرورش دقیق نیست،بودجه بندی ها هم دقیق انجام نمی شود؛ باید همانطور که کتاب های درسی را امسال برای سال بعد تدوین کرده ایم، آمار و اطلاعات، برنامه ها، بودجه، منابع انسانی و... را نیز به صورت مدون در اختیار داشته باشیم.
رئیس سابق دانشگاه فرهنگیان با تأکید بر اینکه طلایی ترین فرصت آموزش و پرورش در تمام این سال ها به دلیل همراهی  ۱۰۰ درصدی دولت و مجلس فراهم شده است تا ضعف و مشکلات مدیریتی این وزارتخانه برطرف شود، می گوید: این وزارتخانه به وزیری نیاز دارد که این دستگاه  را از فقر، فلاکت و نداری و از حالت ۷۰ درصد فضای فیزیکی درهم ریخته، از فضای کالبدی فرسوده و حقوق های بسیار پایین معلمان نجات دهد،فردی که برنامه عملیاتی برای اداره این وزارتخانه داشته باشد.
وی تأکید می کند: ناتوانی در مدیریت منابع انسانی از جمله ضعف های مدیریت آموزش و پرورش در سطح خرد و کلان است و این ناتوانی موجب شده است تا در مناطقی از کشور با کمبود نیرو و در مناطقی دیگر با تراکم نیرو مواجه شویم، بی مدیریتی در توزیع نیروی انسانی موجب اتلاف بودجه در مناطق متراکم و افزایش هزینه در مناطق محروم می شود.